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1926年,國民革命軍攻克了湖南、湖北、江西和福建的主要城市,於是廣州國民政府聯席會在11月決議將國民政府北遷武漢,即為國民政府。

然此時的國民政府受到蘇聯以及共產黨所影響,引發國民黨右派對於左派親共的不滿。1927年,北伐軍攻克了上海與南京,蔣介石於3月抵達上海後,決定實行“清黨”,並於4月18日成立南京國民政府

在成立大會上﹐發布了中國國民黨中央政治會議關於奠都南京的宣言以及《國民政府宣言》,提出國民革命方略四條:密切革命軍與人民的配合﹔造成廉潔政府;提倡保護國內實業;保障農工團體利益並扶助其發展。南京國民政府采取委員制﹐由蔣介石﹑胡漢民﹑張靜江﹑吳稚暉等十二人為政府委員,胡漢民為政府主席,蔣介石為國民革命軍總司令﹐吳稚暉為總司令部政治部主任。政府各部門設有:秘書長(鈕永建),財政部長(古應芬﹐錢新之代),外交部長(伍朝樞),民政部長(薛篤弼),司法部長(王寵惠),大學院院長(蔡元培)。政府轄區包括江蘇﹑浙江﹑安徽(壹部)﹑福建﹑上海﹑南京﹑廣東﹑廣西等。也開始形成寧漢分裂之局面;直到8月武漢的國民黨與國民政府執行分共清黨,以及蔣介石在汪精衛的要求下辭去總司令之後,才宣布合作。1928年2月3日至7日,中國國民黨二屆四中全會在南京召開﹐會議通過了"改組國民政府"等議案。規定國民政府接受中國國民黨中央執行委員會指導﹑監督﹐掌理全國政務﹐政府委員由國民黨中央委員會選舉﹐政府部門設有內政﹑外交﹑財政﹑交通﹑司法﹑農礦﹑工商等部以及軍事委員會﹑最高法院﹑監察院﹑大學院等。會議推舉譚延闿為國民政府主席﹐蔣介石為軍事委員會主席兼國民革命軍總司令。同年9月﹐國民黨二屆五中全會在南京召開﹐宣稱全國進入訓政時期﹐由國民政府執行訓政職責﹐並決定以五院制組成國民政府。同年10月﹐南京國民政府公布《中華民國國民政府組織法》﹐規定國民政府總攬中華民國之治權﹐政府由行政院﹑立法院﹑司法院﹑考試院﹑監察院組成﹐設主席壹人﹐委員十至十二人﹐國民政府主席兼任陸海空軍總司令。同時﹐任命蔣介石為國民政府主席兼陸海空軍總司令。至此﹐南京國民政府的政權組織形式漸趨完備。

1928年6月,革命軍進入北京,國民政府在15日發表全國統壹的宣言,12月29日,東北的奉系將領張學良通電南京宣稱接受國民政府管轄。蔣介石領導的革命軍北伐成功後,南京國民政府正式獲得國際承認為中華民國政府。